“噢！上帝！…啊！…呼呼…”卡梅隆紧紧地握住了雨果的手，空闲的左手遮挡住自己的眼睛，害怕自己看到雨果驾驶的飞机坠毁的场面，但内心又不由自主地隐隐期待着。然后她就听着现场观众那连成一片的惊诧声，感觉所有人都成为了一体，经历着大屏幕里那令人震惊的飞机追逐战。
外星战机对史蒂夫驾驶的飞机穷追不舍，由于史蒂夫根本打不透外星战机的防护罩，所以他完全没有还手之力，只能依靠自己高超的技巧进行闪躲，整个场面险象环生，现场观众更是惊呼连连，最后，史蒂夫利用时间差，将自己的降落伞放出，罩住了外星战机的视野窗，然后选择紧急弹出座舱，让自己的座机撞向悬崖，外星战机失去视野之后一时闪躲不及，也撞在了悬崖上。
刹那间，全场观众都松了一口气，卡梅隆也松开了雨果的手，拍了拍胸膛，这才放松了下来。
不过，外星战机由于出色的防护罩，所以并没有爆炸，只是损坏失灵了，跌落在荒无人烟的戈壁滩上，史蒂夫将失去防护罩保护的机舱打开，却看到外星人直接蹿了出来，史蒂夫想起了刚才牺牲的战友们，怒不可遏，咬着牙齿说着“欢迎来到地球”，然后狠狠地给了外星人一拳，外星人直接就满眼金星晕倒了。
现场爆发出一阵笑声，这种细琐的小幽默几乎可以说是穿插在电影的各个角落，让人会心一笑的同时，也对紧绷的节奏和气氛起到了缓和作用。
与此同时，在最后一刻逃出生天的贾思明，带着迪兰在废墟之中艰难地行走着，看着眼前那片荒无人烟的土地，顿时有一种难以言喻的茫然。但是贾思明还是坚强地带着迪兰一步一步地寻求着生机。
迪兰始终乖巧而坚强地跟在贾思明身后，她找到了一辆暗红色的卡车，然后一路跌跌撞撞地前进着，在这一路上，遇到了不少满身疮痍的幸存者们，贾思明都将他们带上了车，坚定地朝着史蒂夫战队所在的基地开去，路上她甚至意外拯救了直升飞机意外坠落的第一夫人，第一夫人此时腹部受伤，根本无法独立行走，但还是在贾思明的帮助下，一起搭上了这辆风尘仆仆的开车。
等贾思明一行人抵达基地时，这才发现，基地也已经变成了一片废墟。原本一直支撑着贾思明走下来的就是与史蒂夫的汇合、还有对基地的期许，但现在，一切都毁于一旦了。贾思明试图想要和外界联系，不管是史蒂夫还是总统，至少需要了解到外面的情况，但却一筹莫展。
绝望之中，贾思明的眼眶也不由温热了，史蒂夫此时生死未卜——因为她知道，当战争开始时，史蒂夫就是站在最前线的炮灰，看着自己身边从不吵闹的迪兰，贾思明却知道，她不能软弱，如果就连她都放弃希望了，那么迪兰应该怎么办？其他这些因为受伤而生命垂危的人又应该怎么办？
贾思明擦干了眼泪，终于振作起来，带领这一群幸存者们在基地驻扎了下来，等待着救援，或者等待着毁灭。
空军一号逃出生天之后，总统和幕僚们发生了激烈的争执，激进派主张使用核弹，但却遭受到了许多人强烈地反对，因为当初在日本投射核弹的战后灾难，至今都没有能够平复。使用核弹之后，即使驱逐了外星人，可是留下一个伤痕累累的地球也依旧无以为继，这无疑是饮鸩止渴。
争吵之中，托马斯总统这才知道，原来美国居然有一个就连他都不知道的五十一区。五十一区一直都是美国民间传说中的存在，电视剧“X档案”里就提到过，这是一个专门研究外星人和UFO的军事基地，是美国政府的最高机密。可是，由于国防部长个人的政治野心，全新上任的总统却对此一无所知，这才没有能够提前预防惨剧的发生。
为了对抗外星人，空军一号前往了五十一区罗斯维尔基地。
电影院里刹那间开始骚动起来，关于外星人、关于五十一区的讨论始终都没有停止过，人们都渴望着能够探知神秘的宇宙太空，而“独立日”里不仅将外星人带了出来，而且将五十一区真实地呈现了出来。
在五十一区里，观众们不仅看到了六十年代降落在地球的外星飞船，而且还看到了被保存在巨型玻璃瓶里的三个外星人残骸，这让整个电影院都沸腾了起来。
“他们和我们有很多相似之处，他们呼吸氧气，冷热承受程度和我们差不多，这可能是他们对地球感兴趣的原因。”五十一区的带头科学家兴奋地解释着，他的话语引发了电影里更加嘈杂的议论声，似乎每一个人都在发表着自己的意见，但同时又不得不压抑自己的声音，因为没有人想要错过电影的任何一个部分。
就连史蒂文斯皮尔伯格也不例外，他就像个孩子一般，得意洋洋地对着身边的凯文彭斯说，“我告诉过你，五十一区是绝对存在的，外星人也是！”
史蒂文的这份童心和信仰，曾经创造出“外星人E。T”这样的佳作；而乔治卢卡斯显然也是外星文明的拥护者，于是这才有了“星球大战”。不仅仅是史蒂文和乔治，现场每一个观众都是惊叹连连，相信的，不相信的，都在悉悉索索地发出感叹声，这让凯文不由笑了起来，就连他自己，在这一刻都不由自主地反问到：外星人，真的存在吗？
雨果饰演的史蒂夫拖着外星人的尸体在戈壁上艰难前行着，他知道着五十一区的存在，而此时他距离五十一区并不远，所以他打算前往那里报道。在前进的道路上，他遇到了逃亡的车队，在这个平民组成的逃生组织里，他遇到了退役老兵罗素。
罗素是一个退役的黑人飞行员，但他曾经参加过越南战争，负责驾驶战斗机，从战场上回来之后，他就开始酗酒，几年之前，他宣称自己被外星人绑架，并且被外星人拿去做实验。可是从来没有人愿意相信他，包括他自己的孩子，还有他曾经的朋友，他们不仅不相信他，还拿这件事嘲笑他，乐此不疲。这让罗素酗酒更加凶猛，昏天暗地，甚至因为欠了一屁股的酒资，而被小混混殴打。
可是现在，地球遭受了外星人的袭击，人们终于意识到，罗素说的很有可能是事实。
罗素带着自己的孩子们踏上了逃亡之路，遇到了史蒂夫之后，在史蒂夫的带领下，朝五十一区进发。他们抵达了五十一区之后，史蒂夫所捕捉到的外星人就立刻被那些科学家们拿去进行研究。
科学家们试图解剖这个外星人，进一步了解它的身体构架。可是打开包裹在外星人外面的生物保护外壳之后，却发现，这个外星人并没有死亡，只是昏迷而已，此时它终于苏醒了过来，残忍地杀死了在场所有的科学家。
赶到现场的总统和军队高层试图和外星人讲和，但却发现根本行不通，外星人甚至试图用音频攻击杀死总统，于是他们开枪瞄准了缺少防护罩保护的外星人，成功地杀死了这个外星人。此时托马斯总统才意识到，“他们就像蝗虫一样，从一个星球到另外一个星球，他们全部出动，等自然资源枯竭之后，他们再前往下一个星球。现在，轮到我们了。”
这就是一场不是你死就是我活的战争，没有商量余地，在如此压迫之下，托马斯总统咬紧牙关，决定下令使用核武器，只要能够打破外星人飞船的防护罩，消灭外星人，成功保护地球，他们将不惜一切代价。
史蒂夫和托马斯总统匆匆见面之后，却没有时间领取自己的战功，然后就从将军那里得知，他所在的基地已经被彻底毁灭了。听到这个消息之后，史蒂夫陷入了绝望之中，因为他知道，贾思明会带着迪兰前往基地，即使他们能够在外星人飞船的第一波攻势之中生存下来，即使他们能够在基地的毁灭战之中生存下来，但现在他们也已经无依无靠了，生命随时都可能有危险。
史蒂夫甚至不愿意去思考其他的可能性，他只知道自己必须前往基地，于是，他违反军令，抢走了一辆直升飞机，专门前往基地。奇迹般地，史蒂夫在基地里找到了贾思明和迪兰，还找到了行踪不明的第一夫人，成功地将她们带回了基地。
正当史蒂夫脱离大部队独自前往营救众人时，托马斯却做出了一个艰难的决定，下令发射核导弹。强大的核导弹成功集中了盘旋在洛杉矶上空的外星飞船，惊天动地的爆炸、漫天漫地的尘埃让所有人都欢呼起来，电影院里更是响起了一片尖叫声，可是罗杰埃伯特却知道，故事肯定没有那么简单，如果就这样结束的话，高潮部分就太没有意思了。
果然，正如罗杰所料，作战室里的众人还没有来得及进一步庆祝，现场就传来了确认的消息，防护罩依旧没有被攻破。即使是目前地球上最强大的武器，也没有能够攻破外星飞船的防护罩，这是不是也就意味着，人类只能束手就擒了？
那种绝望的情绪让所有人都安静了下来，整个电影院再次陷入了一片安静，不同于之前外星人轰炸各大城市的安静，此时的安静就像是一片死寂，依旧可以听到那轻微的呼吸声，但却彷佛所有人都被黑暗牢牢包围，无法挣脱。穷途末路，大抵就是如此了。