“12月1日…昨天，最乐观的汉妮大婶死了。真不敢相信。她去世后给我们留下了这么多回忆…我从来也想不到竟然会亲眼看到这么多的悲惨与不幸。好多帐篷都死得空无一人…今天我去医院，那里躺着一个九岁的孩子，正在与死神搏斗。我问孩子的母亲在哪里，他们说她一周前就死了。孩子的父亲在锡兰。这孩子十一的姐姐是今天凌晨死掉的。我看着这个孩子，怜悯之心油然而生…但是这么多悲惨的景象已经令我麻木，我发现我再也哭不出来了。我就这样站在孩子的旁边，直到被麻木和悲伤的感情所淹没…”
——艾莉－巴登霍斯特日记，1901年在原德兰士瓦首都庆祝了战争的胜利结束之后，罗伯茨将军于1900年11月29日离开比勒陀利亚，回国接任英军总司令的职务。他将南非军队的指挥权交给基钦纳勋爵，伊安·汉密尔顿勋爵（LordIanHamilton）接任参谋长。罗伯茨离开南非前给本土发去的电报中，将布尔人说成是“小股盗匪”，并说“战争已经真正告一段落，我的任务已经完结。”在罗伯茨大人“南非战争已经真正告终”的保证下，维多利亚女王得以欣慰地在一个多月后的1901年1月22日溘然长逝。
罗伯茨本人作为远征军前敌司令的任务的确是“完结”了，但是，他在南非留下的多达25万人的军队却经年累月不能击溃布尔人的“小股盗匪”。退出城市的布尔军队，此时已经化整为零，组成多股游击队，发挥野战骑射之长，袭击英军交通线，掠取英军给养，歼灭小股英军。布尔人的游击队在德韦特、德拉瑞、博塔、扬·史末资（JanSmuts）和詹姆斯·赫尔佐格（JamesHertzog）等人的领导下，越打越顺手。他们熟悉地形，得到当地居民的支持，散布在广大地区的布尔人农场成为游击队的根据地。基钦纳勋爵在掌握南非英军的最高指挥权几个星期后，便致函新任陆军大臣布罗德里克，表示深恐大臣“对于最近战争的发展会感到失望”。他估计以民兵身份作战的布尔人仍有两万之众，而且他还补充说：“…这些人并不是经常以民兵的身份出现的。在他们未奉号召出动之前，往往在他们的田地上，象最安分守己的居民一样地过活，或许还以粮秣、牛奶和鸡蛋接济最临近的英国驻防军。…目前他们显然已经全部出动，因而他们忽然之间显得人数众多，并且一有机会就勇气百倍地进行活动。由于地域广袤，所以布尔人可以来去自如，更由于非常机动，所以能够乘隙袭取没有充分警惕的任何哨站。每一个农庄都是他们的一个情报机关和供应站，因而几乎无法包围他们或擒获他们。”
英军象这样疲于奔命的情形历经数月。为了剿灭游击队，增援部队不断地开往南非，包括炮兵、骑兵、骑马步枪兵、工兵部队，以及大批的重炮、马匹、野战炮和机枪。但是，以无与伦比的技巧进行游击战的德韦特、博塔和德拉瑞所使用的战术，是在英国任何军事学校里都没有教授过的。布尔人的卓越战术使得基钦纳无所施其计。
1900年12月至1901年4月，布尔游击队在博塔和德韦特的指挥下，深入开普殖民地作战。1901年4月到9月的冬季战役中，布军游击队对德兰士瓦和奥兰治的英军发动多次偷袭，并屡屡得手，俘获大量军火、给养和大炮。1901年9月至1902年5月，史末资和赫尔佐格再次进入开普殖民地。他们率领5000名骑兵，分成若干小股游击队，奔袭千里，深入英军大后方，一直推进到大西洋沿岸和开普敦近郊，迫使英国在开普地区宣布戒严。
1902年3月，梅休因中将在离比勒陀利亚300公里的利希腾堡附近遭到德拉瑞指挥的游击队的包围，梅休因将军重伤被俘，其手下缴械投降。此役再一次震动了英国。英军打得越来越艰苦，25万大军疲于奔命。
为了早日结束战争，从1901年3月开始，基钦纳采取碉堡战术、焦土政策和设置集中营来对付布尔人的游击队。在布尔游击队活动的地区，英军架设铁丝网，将布尔共和国分割成若干绥靖区域，进行分区扫荡。铁丝网的总长度达6000公里。绥靖区内每隔1至2公里设一座木板碉堡，派士兵驻守，凡是有人走近碉堡射程，一律射杀。共设置了八千多座碉堡。整个防御体规模之大，令英国人大为赞叹。在这些绥靖地区内，凡发现布尔农场主帮助游击队，则周围10英里内的农场、房舍一律烧毁。
英国人建立的一座碉堡纵火焚烧民用目标的活动从英、美战争时期起便成为英军的习俗，为广大官兵所喜爱，从白宫到乡间农舍无所不烧，后来这个传统又在中国的圆明园发扬光大，成为在大不列颠军队中代代相传的美德。为了在南非把这个美德继续发扬下去，英军决定不再仅仅限于焚烧那些支持过游击队的农舍，而是一鼓作气，烧毁了奥兰治和德兰士瓦乡间几乎所有的布尔农场、房舍、教堂、学校、畜圈（共计焚毁3万多座农舍），运走了所有的马，杀死了所有带不走的牛、羊、猪，炸毁了所有的水井，烧光了地里所有没来得及收割的庄稼，彻底破坏了40多座城镇。这一“三光政策”后来被日本陆军仿效，在中国的东北和华北如法炮制。此外，基钦纳还一改以往对战俘的宽大政策，投降、被俘的游击队成员，以及参加过游击队的成年男性公民，一律流放到遥远的印度、锡兰和百慕大战俘营。在开普殖民地和纳塔尔殖民地，凡有响应“拿起武器”的号召的荷裔英国公民，一旦被俘皆判处死刑。
布尔人农民正在被驱逐出家园为了彻底消灭游击队的活动基础，基钦纳又下令先后将十三万六千名布尔人妇女，儿童和老人以及八万多黑人仆役统统从被焚毁的农场上抓走，用敞蓬货车或牛车运到一起，关进由他首创的集中营。南非的集中营首创于1900年9月，起初是收容那些家园被焚毁的布尔军人家属的难民营，基钦纳在1901年将其改造为关押所有布尔平民的集中营。
南非境内的集中营有五十多座，分布在开普、德兰士瓦、奥兰治和纳塔尔的铁路线两侧，以及约翰内斯堡、布隆方丹、德班等大城市近郊。集中营内实行严格而苛刻的配给制度。每人每天四分之三磅玉米面、大米或土豆，一盎司咖啡，两盎司糖，半盎司盐，每周一磅肉（有亲属参加游击队的妇女和儿童得不到肉）。婴儿和六岁以下的儿童每天可以领到四分之一夸脱的牛奶。黑人集中营的情况更糟，但是他们可以得到黑人亲友的接济，也可以在宣誓效忠英国后被释放。集中营的四周环绕铁丝网，凡有试图翻越逃跑者一律射杀。
集中营内人口密度极高，帐篷、毯子、衣服和药物奇缺，瘟疫流行，营养不良，1901年10月死亡率曾高达40.1%。集中营的高死亡率严重动摇了布尔军人的士气，同时也使英国人的形象在全世界面前一落千丈，本来英军高举的旗帜是替外侨伸张正义、征讨无道暴虐的德兰士瓦政府，但是现在全世界都在谴责英军野蛮的集中营政策。一个年青的英国妇女埃米莉·霍布豪斯为集中营的状况所震惊，向国内提交了一份长达15页的报告，描述了集中营内的惨状。按照战时的通常作法，霍布豪斯小姐被宣布为祖国的敌人，立即逮捕并驱逐出境。但是她回欧洲后坚持斗争，得到了广泛的支持。在野的自由党以年青的威尔士民族主义者劳合·乔治为首，猛烈抨击保守党和陆军的野蛮政策，瑞士、德国、荷兰、法国、美国派出了视察人员，欧美各国向集中营内的平民捐赠了大量物资。在国际和国内舆论的强大压力下，英国国会不得不派出调查团前往南非。在对基钦纳和集中营官员进行了严厉的批评后，集中营的配给和医疗条件方得以改善，死亡率迅速跌落到2%。整个布尔战争期间，死在集中营内的布尔平民共有27,927人，其中包括1,676名老人，4,177名妇女和22,074名儿童。
因饥饿和伤寒死于布隆方丹集中营的莉齐·范·泽尔（7岁）
除了集中营和焦土政策造成的打击之外，在南非122万平方公里的广袤土地上，除了开普殖民地有几万南非荷兰人同情、支持布尔游击队以外，顽固坚持种族主义立场的布尔人自己并不要黑人的支援，也要求英国人在战场上不使用非洲人为助手。布尔民团如果在战斗中逮到手持武器的黑人，立即枪决。好几个布尔民团的头目因此被英国宣布为战犯而枪毙。所以，南非的四百万黑人绝大部分对布尔人抱敌视态度，当地的非洲人利用英、布交战的机会不断袭击布尔人的民团和农场，令布尔人深感孤立。
南非的布尔人居民人数甚少，德兰士瓦和奥兰治两个共和国总共只有四十四万左右的荷兰裔白人公民，除了仍然坚持战斗的两万多人外，战争已吞噬了将近七分之一的人口（包括流放到印度、锡兰、百慕大等地的战俘），臭名昭著的集中营又关押了十多万人，南非的布尔人面临着种族灭绝的危险。