希鲁鲁克暗中恳求朵丽儿医娘收留乔巴,朵丽儿医娘原先以为希鲁鲁克在开玩笑而将他赶出去,事后她却发现似乎有些不对劲,并赶到希鲁鲁克家时,家中只剩下乔巴在休养,希鲁鲁克为医治生病的“医生20”已经动身前往磁鼓国的城堡,乔巴得意洋洋的拿出阿密乌菇,告诉朵丽儿医娘他用这个治好了希鲁鲁克的恶疾,反被狠狠训了一顿,原来乔巴历经千辛万苦找到的“阿密乌菇”,其实是一种剧毒菇。希鲁鲁克明知道乔巴弄错了,但为了感谢他的心意以及不忍心让他失望,明知道是剧毒菇仍然喝下了阿密乌菇煮成的汤,因此反而缩短了他的性命,使得原本不到10天的寿命缩短只剩下半天可活。希鲁鲁克赶到城堡后,发现医生20生病的消息是磁鼓国国王瓦尔波设下诱捕的陷阱,但他为此对国家没发生任何大事感到相当高兴,他深信自己就算死了也能够医治国家的恶疾,随后大喊著“我的人生…真是的太美好了”并饮下装设炸弹的酒自杀身亡,瓦尔波看到这样的结果,内心不但没任何惭愧之意,反而将希鲁鲁克的死视为一个大笑话,令目赌一切的乔巴相当震怒,于是冲向瓦尔波的军队打算和他们玉石俱焚,被瓦尔波的干部之一多尔顿给阻止。多尔顿为瓦波尔的所作所为跟乔巴道歉,也表示不希望再看到任何像希鲁鲁克一样为了国家和平而牺牲的人丧命,乔巴才终于打消为希鲁鲁克报仇的念头。希鲁鲁克过世后,乔巴继承了他的遗志,立志成为能够医治所有疾病的万能药,并向朵丽儿医娘学习医术。
初次登场正在加载托尼.托尼·乔巴乔巴的初次登场,是和库蕾哈医生一同到磁鼓岛的城镇“凯斯特”寻找病患的时候,后来因协助治疗感染病毒的娜美,及身受重伤的路飞和山治而首次接触草帽海贼团。在与病愈的娜美谈天时,乔巴流露出对海贼的憧憬,娜美因此邀请他以医生的身份加入,但他却以“自己是驯鹿,不能跟人类在一起”的理由推卸了。库蕾哈医生听到他们的对话,将乔巴的身世及想寻找伙伴的心结告诉娜美,并希望他们能治好他长久以来的“心病”。
路飞在打倒瓦尔波后,多次邀请乔巴加入成为伙伴(但路飞并不知道乔巴是医生,只因觉得他很有趣而已),但乔巴的内心却一直交战着,反复认为自己是驯鹿所以没资格加入。经历一整天的“邀请”与“逃避”,路飞使尽最大的嗓子对乔巴喊叫:“少啰唆,跟我们走就是啦!”,这一喊不但冲走了乔巴的犹豫,也给予他出海的勇气。在向库蕾哈医生道谢以后,乔巴便随着草帽海贼团离开,并正式成为他们第六位伙伴。
乔巴的成长经过及加入草帽海贼团这段故事,曾被改编、重新制作成剧场版《
摸乔巴身世之谜:冬季绽放、奇迹的樱花》。
阿拉巴斯坦篇阿乔巴与乌索普联手击败r.4与圣诞节双人组,当路飞在祭葬殿击败了当时的王下七武海之一的沙·克洛克达尔之后,路飞利用自身的能力特性,将索隆与乔巴一起带回地表和其他人会合。而妮可·罗宾在前进梅丽号现身时,乔巴虽然一开始对罗宾有着几分畏惧,但因为罗宾利用“花花果实”的能力对路飞开玩笑,使得乌索普与乔巴跟着路飞起哄大笑之余,对罗宾也不再像先前那么顾忌。
空岛篇乔巴战胜了四神官的涅盘,却接连败在四神官之一的欧姆和艾尼路手上。尔后在长环岛与福克西海贼团举办竞赛时,乔巴和罗宾一度因为被对方选定为俘虏的船员,使得两人只得在一旁观赛,索隆更因为乔巴被对方选走讲出的丧气话出言训斥他。由于路飞最后战胜了福克西,乔巴和罗宾顺利回归草帽海贼团。但后来草帽海贼团遇上了三大将之一的“青雉”库山展开决战不幸败北,路飞、索隆、罗宾、山治更因此遭到冻伤,乌索普与娜美协助乔巴将冻伤的四人带回前进梅丽号,而乔巴也在事后帮助四人处理冻伤的伤势。
司法岛篇由于乌索普被弗兰奇家族殴伤并抢走两亿贝里一事,乔巴跟着路飞、索隆、山治大闹弗兰奇家族的基地为乌索普报仇。他和罗宾逛街的时候,最先警觉到罗宾失踪的状况,和山治再次遇到罗宾劝她归队,但因为罗宾坚持离开只得无功而返。在司法岛事件中,索隆和狙击王(乌索普)的手在战斗中不小心被“海楼石手铐”铐在一起而无法战斗,两人要乔巴去找能解开手铐的“2号钥匙”,乔巴却在寻找钥匙的途中意外卷入了娜美与9之一的偎取的战斗,而在同时,山治为了守住自己的骑士之道,被9之一的卡莉法击败,摔落在娜美与乔巴两人的面前,乔巴让娜美去找卡莉法,自己则是留下来和偎取战斗,但面对偎取压倒性的力量,乔巴很快就处于劣势,为了赌自己的胜算而吞下了第三颗“蓝波球”,以暴走型态击倒了偎取,但却因此变的敌我不分,开始疯狂攻击自己眼前所看到的一切,后来弗兰奇听从娜美的建议,以一发“风来炮”将乔巴打落下海才解除了危机,从伙伴们救回罗宾到全员搭乘前进梅丽号逃走的期间,乔巴的身体一直处于动弹不得的状态,司法岛事件结束后,因为没有任何海军目击到乔巴战斗而把他当成宠物,悬赏金只有50贝里,让他很不能接受。
恐怖三桅帆船篇乔巴对自己所崇拜的名医霍古巴克玩弄生命的行为感到相当愤怒,并以自己的力量,成功让僵尸辛朵莉身为人类时的心彻底反抗霍古巴克命令,路飞击败了“王下七武海”之一的月光·莫利亚后,同为“王下七武海”之一的“暴君”巴索罗缪·大熊奉世界政府之命要抹杀草帽海贼团,因为和伙伴拒绝交出路飞的人头,被“熊的冲击”击中不省人事。
香波地群岛篇在香波地群岛和伙伴合力打倒了和平主义者4,但已无力招架随后出现的战桃丸等人,并和路飞、罗宾一组,打算逃出无法地带,眼看伙伴一个个被和平主义者1击倒而陷入恐慌,再度使用第三颗“蓝波球”变成暴走型态,仍然被巴索罗缪·大熊的神秘能力弹飞。
与伙伴分散后的冒险被弹飞的乔巴掉落到南海的“鸟类王国”特里诺王国,遭巨鸟从巢中踢走后被当地居民捕获。在漫画扉页连载《乔巴可不是桌上佳肴啊混帐》中,差点被煮熟的乔巴成功脱险,同时目睹了巨鸟与居民的对战。动画版则加入了乔巴差点被岛民当成火锅时巨鸟们乱入,以及与巨鸟幼雏逃避当地居民追捕的情节。
待在特里诺王国期间,乔巴化解了村民与巨鸟之间的误解,使大家和平共处;后乘骑巨鸟前往香波地诸岛与伙伴们会合,途中却从报纸中得知路飞在“大事件”后的消息。在读得“只有伙伴才能明白的讯息”后,为了汲取更多知识以获取更强的力量,折返特里诺王国,向居民请教有关当地草药的相关知识。</
海贼之碧龙大将